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厦门珍稀海洋物种自然保护区位于厦门市郊北部偏西，
 四周群山环绕，竞相争秀。山上树木葱郁，奇石怪岩隐藏于高林树丛之间。坂头水库位于坂头村附近，库容量350万立方米，水质清洌，水库依山就势，蜿蜒而去，格外壮观。全年平均气温为21℃。日照时间长，太阳光充沛，所以厦门一年四季花木繁盛。旅游资源丰富，具有山、海、岩、洞、园、花、木诸种神秀，加之名人古迹和具有特色的民俗文化乡土风情，吸引越来越多的中外游客。保护区是一个以中华白海豚、文昌鱼等珍稀海洋生物及黄嘴白鹭等鸟类为主要保护对象的自然保护区。
本区是国家一级重点保护野生动物中华白海豚的两个主要分布区之一（另一个主要分布为珠江口海域），现有种群数量约40头左右，但种群结构尚能保证其繁衍后代，具有极为重要的保护价值和研究价值。本区还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一，文昌鱼是无脊椎动物和脊椎动物间的代表类群，在
 动物进化研究和动物学教学方面具有重要的意义。此外，区内大屿岛，鸡屿等岛屿上还分布有黄嘴白鹭、岩鹭、白鹭等10种滨海鸟类，种群数量近3万只，并为黄嘴白鹭的模式种产地。由于保护区位于沿海经济高度发达地区，建设和管理好该保护区，不仅对珍稀物种地保护具有重要意义，而且有助于保护厦门市的生态环境和促进厦门市的经济发展。
中华白海豚是国家一级保护动物，有“海上大熊猫”之称。厦门和港台俗称妈祖鱼。刚出生的幼仔体长约100～105厘米，浑身铅灰色、腹部稍乳白色；中年成体乳白色并有黑灰色大斑块或小斑纹；壮年或老年粉红色或乳白色，成体体长200～265厘米，体重150～250公斤大屿-鸡屿岛白鹭自然保护区范围包括大屿岛和鸡屿岛及其滩涂。主要保护对象是黄嘴白鹭、岩鹭
 （均为国家2级保护）、白鹭、大白鹭、中白鹭、夜鹭、池鹭、苍鹭、牛背鹭等鹭科鸟类和它们的自然生存环境。
厦门自古以来被称为“鹭岛”，鹭鸟资源十分丰富。中国共有白鹭属鸟类5种：大白鹭、中白鹭、小白鹭、岩鹭、中国白鹭，厦门有齐全的这5个种类。鹭类的食物主要是鱼、蛙、水生软体动物和水生昆虫。白鹭在3-5月繁殖季节头部有繁殖羽，十分美丽。厦门文昌鱼自然保护区包括黄厝海区、南线至十八线海区、小嶝岛海区和鳄鱼屿海区等四个区，总面积63平方公里。厦门珍稀海洋物种自然保护区还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一.
厦门珍稀海洋物种自然保护区-保护对象
白鹭
厦门海洋珍惜物种黄嘴白鹭、岩鹭都是国家二级重点保护动物。黄嘴白鹭是国际濒危物种。岩鹭是中国11种高度濒危鸟类之一，在中国已难得一见，处于濒危状态。厦门位于亚热带，海洋生物区系是西太平洋沿岸亚热带该养生物区系的典型。黄嘴白鹭是Robert Swinhoe（英）1860年在厦门采集到的新物种。厦门是黄嘴白鹭的模式种产地，在动物分类学上具有特殊的意义。在厦门东海岸（隔海与台湾的金门、澎湖岛相望）一带，近几年来所发现的岩鹭为灰黑羽色，与中国大陆其他地方及港台所见的岩鹭羽色相同，具有亚热带地区的代表性。
厦门文昌鱼
厦门文昌鱼体型细长，两端尖，外形似鱼但不是鱼，身体侧扁，半透明。由于它在进化系统中位于无脊椎动物
 到脊椎动物的过渡类型，是五亿年前脊椎动物的始祖，素有“活化石”之称，是研究动物进化的一种珍贵材料。厦门的刘五店鳄鱼岛附近曾流传着一个传说；古代，文昌皇帝骑着鳄鱼过海时，在鳄鱼口里掉下许多小蛆，当这批小蛆落海之后，竞变成了许多象鱼样的动物，为纪念文昌帝君的缘故取名为“文昌鱼”。嗣后这些动物在那海域繁衍昌盛，当地渔民也以捕文昌鱼为生了。
厦门中华白海豚
厦门中华白海豚身体修长呈纺锤型，喙突出狭长，生的白海豚约1米长，性成熟个体体长2.0~2.5m，最长达2.7m，体重200~250kg；背鳍突出，位于近中央处，呈后倾三角形；胸鳍较圆浑，基部较宽，运动极为灵活；尾鳍呈水平状，健壮有力，以中央缺刻分成左右对称的两叶，有利于其快速游泳。
 眼睛乌黑发亮，上、下颌的每侧都有32~36枚圆锥形的牙齿，齿列稀疏。吻部狭、尖而长，长度不到体长的十分之一。喙与额部之间被一道“V”形沟明显地隔开。
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